ძმები ასრულებენ ადამიანის ტრანსმუტაციის აკრძალულ ალქიმიურ ტექნიკას, რათა გააცოცხლონ იგი, როდესაც ტრიშა ჭირისგან კვდება. შედეგად, ტრანსმუტაცია უკუშედეგს განიცდის და კანონით თანაბარი გაცვლით, მარცხენა ფეხი და ალფონსის ედვარდის მთელი სხეული განადგურებულია. ედვარდი კარგავს მარჯვენა მკლავს ალფონსის სულის გადასარჩენად, აკრავს მას სისხლის ბეჭდით ჯავშანტექნიკაში. როი მუსტანგი იწვევს ედუარდს, გახდეს ალფონსის სხეულის აღდგენის მეთოდი, რომელსაც სახელმწიფო ალქიმიკოსი გამოიკვლევს. ედვარდი ტრიუმფობს და მისი პროთეზირებული კიდურების მიხედვით გახდა სახელი, მეტალის ალქიმიკოსი.
სამი წლის შემდეგ, ელრიკები ეძებენ ლეგენდარულ ფილოსოფიურ ქვას, რათა გააცნობიერონ თავიანთი მიზნები. მარკო აგზავნის თავის ჩანაწერებს, რომ მათ იპოვონ, თუმცა ისინი სწავლობენ ქვის რეალურად დამზადების აუცილებელ ფაქტორს ადამიანის მსხვერპლშეწირვა. Mustang-ის მეგობარი, მეის ჰიუზი, აგრძელებს მათ კვლევას, მაგრამ დახვრიტეს შენიღბული შურით ჰომუნკულის სტრატეგიების პოვნის გამო.
იზუმთან ერთად ნახვისას, ელრიკებმა გაიგეს, რომ ადამიანის ტრანსმუტაცია მის მიერ იყო ჩადენილი მის მკვდრადშობილ შვილზე. თაღლითი ჰომუნკულუსი სიხარბე იჭერს ალფონსს, მაგრამ გადაარჩინა ამესტრის პრეზიდენტმა, მეფე ბრედლიმ, რომელიც აჩვენა, რომ ფუნქციონირებს როგორც ჰომუნკულუს რისხვა. ამგვარად, სიხარბე დნება და ხელახლა შეიწოვება ჰომუნკულის შემქმნელი მამის შიგნით. ვინრი და ელრიკები ბრუნდებიან ცენტრალურ ქალაქში, რათა ჰიუზთან წავიდნენ, მაგრამ გაიგეს მისი გარდაცვალების შესახებ. ლეიტენანტი მარია როსს ადანაშაულებენ ჰიუზის მკვლელობისთვის, მაგრამ სავარაუდოდ მოკლულია მუსტანგის მიერ. მიუხედავად ამისა, ედვარდი გაიგებს, რომ როსის წასვლა დადგმული იყო, რათა ის კონტრაბანდულად გადაიყვანა Mustang-მა შეერთებული შტატებიდან Xing-ში, რომელსაც დაეხმარა Xingese პრინცი ლინგ იაო. ჰოჰენჰაიმს ედვარდი აერთიანებს, მაგრამ სძულს მას რეზიდენციაში ხანგრძლივი არყოფნის გამო.
თხრობის წინსვლისას, ჰომუნკულებს პროტაგონისტები არაერთხელ ხვდებიან. მუსტანგი კლავს ვნებას; მუსტანგი და ლინგი იპყრობენ სიხარბეს, თუმცა ის ამთავრებს შურს თავის ნულში და ედვარდს, ლინგის მსგავსი მუცელი. Gluttony წაიყვანს ალფონსს მამასთან შესახვედრად, მაგრამ ლინგი იქცევა პირდაპირ ჰომუნკულუსად, კონკრეტულად სიხარბის უახლეს ავატარად, როდესაც დანარჩენები გარბიან გლუტონიის მუცლიდან. ელრიკები გაათავისუფლეს, რათა გააგრძელონ დევნა იმ პირობით, რომ მამა მათ წინააღმდეგი არ იქნება.
ბრიგსის ქვეშ მიწისქვეშა გვირაბის განლაგებით, გენერალი ოლივიე არმსტრონგი აღმოაჩენს მამა და ელრიკები, ქმნიან ნაციონალურ ტრანსმუტაციურ ჯგუფს და აპირებს მისცეს თავის მოქალაქეებს, რათა შეძლოს ღვთაებამდე ამაღლება. სიხარბის გამოჯანმრთელება ღალატობს მამას და მის წინა მე-ს მოგონებებს, აერთიანებს შემდეგს და ედვარდს, კიმბლე ჰოჰენჰეიმის ქიმერულ მინიონებს. ჰოჰენჰეიმი თავის ვაჟებს ინდივიდუალურად უმხელს, რომ ის არ არის მოკვდავი, რომელიც მამამ ოთხასი წლის წინ ცოცხალ ფილოსოფიურ ქვად აქცია.
დაპირების დღე მოდის და მამა ემზადება თავისი სტრატეგიის დასაწყებად დაბნელებით და ვინც ცდილობდა ადამიანის ტრანსმუტაციას, როგორც მის მსხვერპლს, რაც აუცილებელია. სხვადასხვა პროტაგონისტები კონფლიქტში არიან მამის მინიონებთან, ყველა ჰომუნკულის ამოწურვისას. იძულებითი მუსტანგის შემდეგ, ისევე როგორც ელრიკები, იზუმი, ჰოჰენჰაიმი გროვდება, რადგან მამა ააქტიურებს ეროვნულ ტრანსმუტაციას. მიუხედავად ამისა, სკარი და ჰოჰენჰაიმი ააქტიურებენ ამესტრიელებს, რათა გადარჩნენ კონტრზომებით. სიხარბე გაანადგურა მამამ, თუმცა მამა დგას მიწის ზემოთ, სადაც გმირები მას ებრძვიან მისი ფილოსოფიური ქვის დასაცავად.
ალფონსი, რომლის ჯავშანი მთლიანად დანგრეულია მამის წინააღმდეგ ბოლო კონფლიქტის დროს, აძლევს სულს, რომ დაიბრუნოს მარჯვენა ხელი, რომელიც თავის მხრივ ანგრევს მამის ქვას და აბრუნებს მას ედუარდის სიმართლის ეთერულ კარიბჭესთან. ედვარდი კარგავს ძალას ალქიმია გააკეთოს სულისა და ალფონსის სხეულის აღსადგენად. ჰოენჰეიმი ხედავს საფლავს, სადაც კვდება ტრიშას ღიმილით.
